Dwejra est peut-être le site naturel le plus spectaculaire de l'archipel. La géologie, le temps et la mer ont ici travaillé de concert pour produire certains des paysages les plus remarquables des îles : la Fenêtre d'azur, la Mer intérieure, Fungus Rock, des falaises abruptes et une côte rocailleuse qui abrite les vestiges fossilisés de créatures marines remontant à la période du Miocène. En-dehors des éléments topographiques visibles au-dessus du niveau de la mer et du sol, il existe aussi quelques grottes sous-marines fascinantes qui offre d'excellents sites de plongée. La Fenêtre d'azur, une ouverture rocheuse surplombant la mer, est l'une des vues les plus photographiées des îles et est particulièrement spectaculaire en hiver lorsque les vagues viennent s'écraser dans l'arche. La Mer intérieure et Dwejra Bay ont vu le jour il y a des millions d'années suite à l'effondrement de deux grottes calcaires. Ce lagon intérieur peu profond est relié à la mer par une grotte de 50 mètres. Cette « mer »  est utilisée par les pêcheurs, par les nageurs ainsi que comme point d'accès pour les plongeurs. La chapelle Sainte-Anne, construite en 1963 sur le site d'une église beaucoup plus ancienne, offre une vue sur le lagon. Un autre site naturel remarquable de cette région est le légendaire Fungus Rock.