El período más documentado de la historia de Malta, además del que corresponde al Gran Asedio de 1565, es el de la Segunda Guerra Mundial. La situación estratégica de las Islas las convierten otra vez en el escenario central del teatro de la guerra en el Mediterráneo: un baluarte clave desde el cual los Aliados pudieron mantener su campaña en el Norte de África y desde el cual lanzaron su ataque final a la península italiana.

Antes de que esto ocurriera, las Islas sufrieron los bombardeos más terribles de toda la guerra. Al terminar la guerra los malteses obtuvieron la distinción de ser la única población entera que recibió la Cruz de Jorge, el más alto galardón civil de Gran Bretaña que se concede para honrar la valentía. Pero al terminar la guerra Malta quedó devastada. Malta tiene el record de haber resistido el más duro bombardeo aéreo: en unos 154 días y noches cayeron 6.700 toneladas de bombas.

Los británicos no estaban seguros de poder conservar o proteger Malta. Si bien estaba en una posición estratégica perfecta era también difícil de defender. El primer Lord del Almirantazgo, en aquel entonces Winston Churchil, decidió que Malta era vital para la planificación de la guerra e importante para las líneas de suministro.

Malta entró en la guerra brusca y repentinamente. El día después de que Mussolini declarara la guerra, el 10 de junio de 1940, los bombarderos italianos atacaron La Valetta y sus puertos. Los británicos sólo tenían tres biplanos en las Islas, cuyos nombres eran Fe, Esperanza y Caridad. Se puede ver el biplano Fe, ahora restaurado, en el Museo Nacional de la Guerra, Fuerte St. Elmo, La Valetta.

Malta se convirtió en una base para los ataques Aliados a los barcos enemigos que navegaban por las rutas de suministro hacia el Norte de África y a las bases aéreas y navales italianas. Como consecuencia de esto, las Islas estaban siendo constantemente atacadas. Como predijo Churchil, Malta era vital para reducir la eficacia del empuje enemigo en el Norte de África. Pero para esto hubo que pagar un precio.

Las Islas estuvieron siempre en el punto de mira del enemigo. Los bombarderos Stuka con base en Sicilia iban a machacar Malta para que se rindiese. Malta ostenta el record de haber resistido el más duro bombardeo aéreo, que tuvo lugar en el año 1942, y actualmente se le conoce como ‘El Asedio de Malta’: la versión bélica del siglo XX del Gran Asedio de 1565. Desde el mes de abril y durante todo el verano de aquel año, las islas estuvieron a punto de rendirse.

Milagrosamente, un convoy de suministro, o más bien lo que quedó de él después de los bombardeos, entró en el Gran Puerto el 15 de agosto. El petrolero Ohio, gravemente dañado, y dos barcos de guerra con raciones limitadas salvaron a las Islas de la sumisión y del hambre. Estos barcos recibieron el nombre de Convoy de Santa Marija porque el 15 de agosto es la fiesta religiosa de la Virgen María. En 1943, Malta era una de las plataformas de lanzamiento para la invasión Aliada de Sicilia y para, posteriormente, invadir Italia. La Marina italiana se rindió el 8 de septiembre, que coincidió con el mismo día en el que 378 años antes terminó el Gran Asedio.

Al finalizar la guerra las Islas estaban física y económicamente devastadas. En 1947 se concedió a las Islas unos 30 millones de libras esterlinas para ayudar a su reconstrucción. Pero se tardaron varias décadas y una posterior reestructuración, una vez que las fuerzas británicas hubieron abandonado Malta completamente en 1979, para reconstruir la economía.