A szigeteken található régészeti helyszínek puszta száma már elkülöníti történelmüket a Földközi-tenger más területeitől.
Találhatók itt megalit emlékművek, bronzkori kőasztalok, pún sírok, római villák maradványai, és olyan a történelem előtti emberre utaló nyomok, amelyekre nincs magyarázat, mint például a rejtélyes „szekér" keréknyomok. Háromezer éven át, kb. i.e. 5200-tól kezdődően a szigetcsoport egy páratlan, templomépítő civilizációnak adott otthont. Málta és Gozo templomait a legrégebbi ember által ismert szabadon álló épületekként tartják számon. Málta legkülönlegesebb helyszíne a Hypogeum, egy valószínűleg temetkezési helyként és templomként használt földalatti kamra labirintus. A szigetek templomai UNESCO Világörökség Helyszíneknek minősülnek, és nyitva állnak a látogatók előtt. A városnéző körutak megkezdésére nagyszerű lehetőséget biztosít a Nemzeti Régészeti Múzeum Vallettában vagy maga a Hypogeum.