Tra il 5500 e il 4500 a.C. le isole maltesi erano abitate da una civiltà straordinaria, intelligiente e piena di risorse. L’arcipelago vide lo sviluppo di questa società e la costruzione di templi megalitici, monumenti unici nel cuore del Mediterraneo. La vita e le credenze di questi antichi insediamenti umani sulle isole maltesi sono avvolte nel mistero. Tuttavia, questi uomini ci hanno lasciato alcuni indizi sul loro stile di vita e sull’alto livello della loro civiltà attraverso un impressionante numero di elaborate strutture che stanno in piedi ancora oggi.

I templi a Ggantjia, Gozo, sono considerati i più antichi monumenti di questo genere esistenti al mondo. Precedono di circa 1000 anni sia la Grande Piramide di Cheope in Egitto che il sito di Stonehenge nel sud della Gran Bretagna. L’Ipogeo di Hal Saflieni a Paola, un labirinto di passaggi e di stanze scavati nella roccia, è un esempio notevole di ingegneria preistorica. È l’unico tempio sotterraneo e luogo di sepoltura di questo tipo al mondo.

Altri templi come quelli di Hagar Qim, Mnajdra e Tarxien e una dozzina di altri siti sembrano confermare la teoria secondo la quale Malta era a quel tempo un'”isola sacra”, un centro di venerazione e pratiche mistiche per le comunità preistoriche della regione.

Anche questo nuovo popolo subentrato all’uomo neolitico veniva probabilmente dal sud-est della Sicilia. Sono state trovate le loro tombe scavate nella roccia a Zebbug e Xemxjia, Malta, e a Xaghra, Gozo. Le tombe avevano già allora la forma trilobata o a trifoglio caratteristica dei periodi successivi e dei templi più grandi. Queste catacombe erano forse i precursori di enormi complessi sotterranei come quello dell’Ipogeo. Tuttavia, questo sito e le stanze più piccole a Xaghra rimangono gli unici di una certa importanza scoperti a tutt’oggi.

Già prima che Ggantjia fosse costruita, questi contadini avevano sviluppato un nuovo sistema culturale in totale isolamento e senza alcuna influenza esterna. Anche se mantennero i contatti con l’antica patria Sicilia e viaggiarono sino a Pantelleria e Lipari per scambi commerciali, non ci sono segni evidenti di scambi culturali. I loro templi e le loro credenze rimangono caratteristici delle isole maltesi e non sono stati trovati da nessun’altra parte.

La civiltà dei templi terminò misteriosamente verso il 2500 a.C. Nessuno sa se questo popolo si estinse per cause naturali, venne assogettato da invasori oppure abbandonò semplicemente le isole. Durante l’età del bronzo vennero rimpiazzati da vari popoli provenienti da diverse parti del Mediterraneo.