La tradizione vuole che la bandiera maltese sia frutto dell’impronta normanna del Conte Ruggero. Nella battaglia contro gli arabi pare che egli strappò la bandiera bianca e rossa e ne diede metà agli uomini maltesi alle armi.
Molte descrizioni della storia maltese non si soffermano sul medioevo. Probabilmente perché, ancora una volta, Malta svolse un ruolo secondario nei piani dei governanti rispetto alla vicina e più grande Sicilia. Ma questo periodo fu testimone dell’ascesa della nobiltà maltese che fece edificare i propri palazzi nella fortificata Mdina. La città rimase un’enclave della piccola nobiltà maltese per molti secoli a venire.

A Mdina è possibile imbattersi nei begli esemplari di architettura siculo-normanna.

Per il resto della popolazione il medioevo rappresentò un periodo di povertà. Vi furono frequenti incursioni da parte di nordafricani e corsari turchi. I maltesi e specialmente la popolazione di Gozo (Gozitani) furono resi schiavi. Le isole passarono dalle mani di molte famiglie reali e nobili europee: principi tedeschi, aristocratici francesi e molti altri. Il destino delle isole maltesi dipendeva da matrimoni, trattati e alleanze.

Il matrimonio di Ferdinando di Aragona e Isabella di Castiglia unificò la Spagna nel 1479. Fu sotto il controllo del loro nipote, il sacro imperatore romano Carlo V, che le isole vennero inglobate nell’impero spagnolo. E fu proprio Carlo a donare le isole ai Cavalieri dell’Ordine di San Giovanni.