Normanderna

Enligt traditionen är Maltas flagga ett arv från normanden greve Roger. Under en strid mot araberna ska han ha rivit itu sin röd- och vitrutiga flagga och gett ena halvan till de maltesiska soldaterna. De flesta redogörelser för Maltas historia berör bara medeltiden helt flyktigt. Kanske beror det på att Malta än en gång hade en mindre roll i sina härskares planer än sin större granne Sicilien. Men under denna period växte en maltesisk adel fram, vilka byggde sina palats i det muromgärdade Mdina. Staden var en av den maltesiska lågadelns enklaver under flera sekler framöver.

Än i dag finns utmärkta exempel på siciliansk-normandisk arkitektur i staden.

För resten av befolkningen var medeltiden en tid av fattigdom. Nordafrikanska och turkiska korsarer gjorde ofta plundringar. Malteserna och särskilt folket på Gozo togs som slavar.
Makten över öarna passerade från den ena till den andra av en rad europeiska kungligheter och adelsmän: tyska prinsar, franska aristokrater med flera. Maltas öde hängde på äktenskap, fördrag och allianser.

Äktenskapet mellan Ferdinand av Aragonien och Isabella av Kastilien enade Spanien 1479. Under deras dotterson, den helige romerske kejsaren Karl V, blev öarna en del av det spanska imperiet. Det var Karl som förlänade öarna till Johanniterorden.