Som hemvist för Johanniterriddarna, tidiga försvarare av kristendomen, har öarna en rik religionshistoria.

Malteserna är ett av världens äldsta kristna folk. Paulus förde kristendomen till Malta då han år 60 e.Kr. led skeppsbrott på ön som fånge på väg till Rom. Man kan följa i hans spår i Rabats helgedomar, grottor och katakomber, och i den forna huvudstaden Mdina.

Det finns 365 kyrkor och kapell utspridda på öarna, och man kan oftast hitta centrum i vilken stad eller by som helst genom att köra mot församlingskyrkan, även om det oftast finns två eller flera kyrkor och kapell. Man kan inte undgå att lägga märke till barockkyrkorna, vars kupoler i rött eller silver avtecknar sig mot himlen. De utgör en naturlig del av öarnas landsbygd, dominerar bytorgen och står i centrum för Maltas sociala och kulturella liv.

Festligheterna som tillägnas församlingens skyddshelgon firas lika mycket nu som någonsin tidigare. Varje kyrka är ett arkitektoniskt mästerverk och har sin egen distinkta stil och sin egen historia, och innehåller unika reliker och skatter. Ljuskronor av marmor och kristall, målningar, fresker och gobelänger finns ofta i äldre kyrkor. Statyer av helgon och Jungfru Maria har också en framträdande plats i många kyrkor.

Eftersom kalksten är mjuk och lätt att arbeta med, har maltesiska skulptörer, arkitekter, byggnadsarbetare och hantverkare kunnat skapa utsmyckningar med komplicerade figurer från golv till tak i kyrkorna på Malta och Gozo.

Mest intressanta av alla religiösa platser är kanske de små kapellen längs med vägarna. Vissa är uthuggna ur berget medan andra hänger fast vid klipporna. Samtliga utgör platser för tystnad och eftertanke.