尽管马耳他群岛可能缺少其他国家常见的名山大川和森林，从地形上来说，岛上还是有不少自然景点的。
由多层沉积岩构成的悬崖绝壁傲然耸立于水边，尤其在马耳他岛和戈佐岛的西侧。后者多为平顶山丘和翠绿山谷，春季各色野花竞相绽放，炎热夏季时则变为金棕色。
在马耳他，您将会发现有大量的自然景点或景观。蓝窗、内海和丰古斯岩石是均位于戈佐岛上德维拉湾（Dwejra）的、相距不过数米的三处自然奇观，无疑是必看的景点。还可以参观各类洞穴去发现有趣的岩石。
马耳他群岛上的自然景点不仅地面上有，水下也有不少景点。带水下呼吸管潜泳者和潜水者可以在马耳他、戈佐和科米诺岛沿海水域中欣赏到地中海地区最令人惊奇的景色。