Die römische Phase ist von großer Wichtigkeit für die Inselgeschichte. Zu dieser Zeit wurde das Christentum auf Malta eingeführt und Maltas Zukunft somit mit der des europäischen Kontinents verknüpft.

Bevor die Römer Malta einnahmen, mussten sie ihre Feinde, die Karthager (ein Phönizier-Zweig aus dem westlichen Mittelmeerraum), bezwingen. Karthago war eine Bedrohung für das aufkommen-de und später überlegene Römische Reich. In einer Reihe von Kriegen, den Punischen Kriegen zwischen 264 und 146 v. Chr., übernahmen die Römer die Kontrolle über Malta. Die Inseln wurden zu einem Municipium oder Freistaat erklärt.

Malta schien unter Rom zu blühen. Die Inseln wurden in Schriften erwähnt, der Römische Senator und Redner Cicero ließ sich über die Bedeutung der Tempel von Juno auf Melita aus, und über das ausgefallene Verhalten des römischen Gouverneurs in Sizilien. Der Schiffbruch des Heiligen Paulus auf Malta im Jahre 60 ist in der Bibel beschrieben. Ob-wohl die Villen, Tempel und Bäder hier ein Leben in relativer Stabilität und Wohlstand andeuten, blieben die Inseln nur ein Vorposten Siziliens.

Im späten 19. Jahrhundert wurde vor Mdina und Rabat ein römisches Haus aus dem 1. Jahrhundert v. Chr. gefunden, das heute als ‚Römisches Villen-museum‘ bekannt ist. Es beinhaltet einige schöne Bodenmosaike und war mit Marmorstatuen, u.a. der regierenden Königsfamilie, ausgestattet.

In Rabat befinden sich zwei Katakomben-komplexe, die in der römischen Ära Maltas in Gebrauch waren: St. Agatha mit seinen Fresken und St. Paul, wo der Apostel gewesen sein soll. Die Römer scheinen die religiöse Vielfalt toleriert zu haben. In den St.Paul-Katakomben aus dem 4. und 5. Jahrhundert finden sich mehrere in Stein gemeißelte jüdische Menorah-Symbole.

Eine andere römische Schlüsselstätte wurde bei Birzebbuga in Südostmalta gefunden. Hier wurde eine enorme 10-Kubikmeter-Zisterne entdeckt. Wie in anderen römischen Siedlungen wurde auch hier eine Olivenpresse gefunden. Das häufige Auftreten solcher Geräte zeigt, dass die Ölproduktion auf Malta zur Römerzeit beträchtlich gewesen sein muss.

Einige Öllampen, die in der römischen Villa ausgestellt werden, tragen christliche Symbole wie z.B. die Christus-Initialen auf griechisch.

Nach dem Zerfall des Römischen Reiches zum Ende des 4. Jahrhunderts sind die Malteser Inseln fast in Vergessenheit geraten. Die Byzantinische Phase begann, unter der Rechtsprechung des Römischen Reiches des Ostens mit Sitz in Konstantinopel. Die Byzantinische Phase dauerte weitere 375 Jahre bis nordafrikanische Berber die Ausbreitung des Islams vorantreibend die Inseln 870 übernahmen.

Der Helige Paulus auf Malta