La dominazione francese delle isole maltesi è stata breve e turbolenta. Il loro arrivo nel 1798 faceva presagire altro anche perché Napoleone e le sue truppe inizialmente furono accolte bene dai maltesi. Tuttavia, questo atteggiamento derivava da un crescente malumore verso i governanti in carica, L’Ordine di San Giovanni, più che dalla condivisione degli ideali rivoluzionari francesi.

L’invasione di Malta guidata da Napoleone faceva parte di un piano strategico per conquistare l’Egitto, l’India e le colonie dell’impero britannico presenti nell’estremo Oriente. Desideroso di controllare le imponenti fortificazioni e i porti di Malta, Napoleone riuscì a ottenere l’appoggio di Cavalieri e maltesi.

Le voci su un loro eventuale appoggio alla popolazione cominciarono a circolare e si ritrovarono a promuovere una lotta popolare contro l’Ordine di San Giovanni e il relativo stile aristocratico di governare.
La caduta del governo dell’Ordine avvenne un paio di giorni dopo anche a causa della mancanza di mezzi, alla presenza di capitani corrotti e alla confusione generale. Le isole maltesi divennero così un altro gioiello nella corona di Napoleone.

Le riforme radicali introdotte dai nuovi governanti furono eccessive agli occhi dei locali i quali erano ancora ampiamente dominati e fedeli a due istituzioni: aristocrazia e chiesa. Anche i nobili e il popolo cominciarono a vedere le leggi napoleoniche come un attacco alla loro amata chiesa e come una minaccia al loro tradizionale stile di vita.

Nei tre mesi di controllo francese i maltesi insorsero e obbligarono gli occupanti a ritirarsi dietro le fortificazioni di la Valletta e le Tre Città ove rimasero fino al settembre del 1800 data in cui dovettero arrendersi alle forze inglesi che erano state chiamate in causa per aiutare i maltesi a ottenere la libertà. La flotta inglese entrò nel Porto Grande dando così inizio a centocinquant’anni di governo britannico.