Tussen ongeveer 5500 en 4500 jaar geleden werden de Maltese eilanden bevolkt door een bijzonder intelligente en vindingrijke samenleving die unieke megalithische structuren bouwde. Het leven en het geloof van deze vroege Maltezen is in mysterie gehuld, maar ze hebben ons aanknopingspunten voor hun levenswijze en hun verfijnde cultuur nagelaten, in de vorm van een indrukwekkend aantal complexe bouwwerken die nog altijd overeind staan.

De tempels in Ġgantija op Gozo worden beschouwd als de oudste bewaard gebleven vrijstaande monumenten ter wereld. Ze zijn ongeveer 1000 jaar ouder dan de Grote Piramide van Cheops en Stonehenge. Het Ħal Saflieni Hypogeum in Paola, een labyrint van gangen en kamers dat in de rots is uitgehouwen, is een knap staaltje prehistorische bouwkunst. Het is de enige ondergrondse tempel en begraafplaats in zijn soort ter wereld.
        

De tempels van Ħaġar Qim, Mnajdra en Tarxien, en ook een tiental andere historische plaatsen, lijken de theorie te bevestigen dat Malta een ‘heilig eiland’ was – een soort centrum voor godsdienst en mystieke praktijken voor prehistorische gemeenschappen in de regio.

Dit nieuwe volk dat de eilanden bewoonde na de neolithische mens, kwam vermoedelijk ook uit het zuidoosten van Sicilië. Hun uit de rotsen gehouwen graven zijn op Malta aangetroffen bij Zebbug en Xemxija en op Gozo in de buurt van Xaghra. De graven hadden al de vorm van een ‘klaverblad’ die later verder werd ontwikkeld bij de grotere tempelplaatsen. Deze catacomben waren misschien wel de voorloper van enorme onderaardse complexen zoals het Hypogeum. Maar dit complex en de kleinere kamers bij Xaghra zijn tot nu toe de enige belangrijke vondsten uit deze periode.        

Tegen de tijd dat Ġgantija werd gebouwd hadden deze boeren in totale afzondering en zonder enige invloed van buitenaf een nieuw cultureel systeem ontwikkeld. Hoewel dit volk contact hield met Sicilië, de thuisbasis van hun voorouders, en handel dreven met andere Italiaanse eilanden, is er geen bewijs van enige culturele uitwisseling. Hun tempels en geloof blijven uniek voor de Maltese eilanden. De tempelcultuur kwam tot een mysterieus einde rond 2500 voor Christus. Niemand weet of dit volk is uitgestorven, werd onderworpen door indringers of eenvoudigweg de eilanden heeft verlaten. Andere volkeren uit verschillende delen van het Middellandse Zeegebied hebben in het bronzen tijdperk hun plaats ingenomen.