O grande número de sítios arqueológicos existente nas ilhas, torna a história de Malta única e totalmente diferente de outros destinos do Mediterrâneo.
Designadamente, há um local que se destaca: o Hipogeu, um labirinto de câmaras subterrâneas, provavelmente usadas simultaneamente como túmulo e templo. Os templos das ilhas estão classificados como Património da Humanidade da UNESCO e são abertos ao público. Entre estes encontram-se monumentos megalíticos, dólmenes da Idade do Bronze, tumbas púnicas, restos de Vilas Romanas e vestígios do homem pré-histórico que desafiam qualquer explicação, como é o caso das misteriosas "pistas de carros". Durante 3 milénios, desde meados do ano 5200 a.C., o arquipélago foi o berço de uma civilização única, construtora de templos. Pensa-se que os templos de Malta e de Gozo são os edifícios independentes mais antigos de que há registo.
Um bom local para dar início a um circuito turístico é o Museu Nacional de Arqueologia, em Valeta, ou o próprio Hipogeu.